吳三桂起兵謀反，全國為之震驚，內憂外患，尤其京城一帶更是震動異常。很多反對勢力認為康熙少不更事，根本無法與久經沙場的吳三桂相抗衡，都開始蠢蠢欲動起來。由於防守京城的禁軍八旗兵先後奉旨南下平叛，京城空虛，社會矛盾激化，北京的朱三太子終於等到這一時機，在天子腳下首先發動叛亂。
“朱三太子”經多方聯絡，組織起2000多人，相約額前裹上白布、身上紮上紅帶，以放火為號，在城內一起舉事，準備趁各官員入朝時，發動家奴殺死自己的主人，將來建立政權時，被殺官員的官職就由該家奴擔任，因此得到了一些家奴的擁護。謀反暴動一觸即發。
就在這夜，明啟挑燈夜讀，半夜出門上茅房卻發現一個家奴夜裡開啟將軍府大門，領進十幾個陌生人入院。家奴們平日生活居住的西廂房黃裁縫屋裡依然燈火通明，明啟覺得很是奇怪湊近窺探，聽見家裡的十幾個奴才竟然聚集在一起喝酒壯膽商量著謀反之事。
“京城內的絕大多數官員家奴都已經控制住局面了，等到五更天，他們準備上朝之時，咱們就一起動手！等天亮了城門一開，白蓮大王就帶著全國來的十萬教眾湧進京城包圍紫禁城。明日太陽昇起之時就是改天換日之時，咱們這些奴才就能翻身成主子了！”
明啟心想，這些家奴們因為沒有文化所以愚昧無知，一定是受了壞人的蠱惑才有此造反之心，他們都是社會最底層的人，若沒有邪念擾亂怎麼會起這滅九族的造反之心？
“啪！”突然身後有人拍了明啟一下。
明啟立刻被嚇到跌倒，忙一回頭原來是紅茹，紅茹在明豔被打成宮女後遭驅逐出宮，又回到了將軍府伺候。明啟雖文弱，但很聰明，此時還分不清紅茹是忠是奸，那些密謀舉事的十幾個奴才哪個不是在府裡生活多年、貌似恭敬的撲人？
“少爺，我發現不太對勁啊！”紅茹小聲的說道，“這些人好像在密謀造反，少爺您得去報官啊！”
明啟冷靜的觀察，這麼多年紅茹對將軍府都是忠心耿耿的，應該可以信任。
於是兩人溜到門口，卻發現自家門口有外人把守他根本出不去。這可怎麼辦啊？自己一個文弱書生，又不會打又不會飛，逃又逃不出去。
無錯書吧明啟和紅茹相視，紅茹突然一拍腦門說，“我有辦法！”於是把明啟拉進自己屋裡，給他換上了丫頭穿的裙子，包上了頭巾遮住了光頭，抹上了口紅，因為明啟膚白肉嫩，還真像一個婦人，最後還不忘給明啟肚子裡塞進一個枕頭。
兩人偷偷拉開了府門，被門口守著的人問要去哪裡？
“這位大哥，這是我表姐已經懷有身孕九個月了，馬上要生了，但我知道天亮之時會有大事，就想離開將軍府，躲到鄉下去避事。”
“這婦人個子挺高啊！”門口把手的男子，用手指抬起明啟的下巴仔細端詳，柳葉彎眉、臉蛋紅撲撲的，眼睛毛忽忽的，真是一個招人稀罕的婦人。
“大哥，都是受苦人，能不能可憐可憐我們姐倆兒。”隨即紅茹開始抹起了眼淚。
守門之人看是兩個弱女子，就放她倆出了門。
明啟和紅茹一路小跑，跑到了紫禁城門口，又被禁衛軍攔住，還好今日當值的是御前侍衛手裡費揚古，才被放入進宮。
皇上見到男扮女裝的明啟，聽到他稟告的造反之事，驚出一身冷汗，在皇城之內竟然發生這樣的事情，叛亂分子如果得逞，後果不堪設想。立刻下令關閉城門，嚴刑搜查，派人擒拿。
於是，費揚古迅速點兵前去擒拿，經過一場短暫的搏鬥，抓獲了300多人。接著，又捕獲首要人犯幾百人。首犯北京的朱三太子被當場斬殺。
京城叛亂剛剛平定，有一位名叫關保的御前侍衛正在河北出差，無意間探知河北總兵蔡祿準備叛亂，以響應吳三桂，當即將這個訊息火速報告朝廷。
蔡祿原來本是鄭成功的部將，鄭成功去世後，他們率部降清，被從優提拔，授以總兵官。蔡祿得知吳三桂在雲南起兵後也產生了反意，又受“朱三太子”楊啟隆蠱惑，到處購買騾馬，製造兵器，命令士卒以捕魚為名進行軍事演習，密謀發動叛亂。
河北與京城相鄰，一旦舉事，勢必危及京城。而且蔡祿的隊伍不同於京城家奴的烏合之眾，都是久經沙場的強兵悍將。形勢萬分危急，康熙皇帝立即派內大臣阿密達率領御前護軍速赴蔡標駐防地懷慶府治河內縣，今河南沁陽境內。在蔡祿還沒有將士卒鼓動起來時，就已經被情護衛軍包圍了。蔡祿企圖頑抗，但御前護衛軍武功高強率部衝進衙團，將蔡祿父子及其同黨一網打盡，然後押解京城處決。一場變亂又被扼殺在萌牙之中。
緊接著陝西提督王輔臣也反了，王輔臣原本是吳三桂的乾兒子，吳三桂一舉翻旗，王輔臣立即殺害陝西經略一品大員莫洛舉兵響應。“三邊一搖，勢難猝定”，西北形勢驟變，陝甘告急。
康熙聞報震驚不已、心急如焚。當時全國綠營兵以陝甘最強壯，兵力也雖多，而且王輔臣可是聞名於世的虎將，個性倔強、傲氣十足！
當康熙皇帝還是極力讓自己冷靜下來，面對王輔臣這樣的武將還是得智取——離間計。於是給雲南的常寧寫了一個密摺，讓常寧用金銀財寶賄賂吳三桂的女婿夏國相，讓夏國相在吳三桂耳邊說王輔臣投靠清庭已經背叛了的壞話。
果真奏效，吳三桂開始懷疑王輔臣，就派次子吳應麒親自前往平涼安撫王輔臣。軍營中聚餐，酒酣耳熱之際。
吳應麒眼睛很尖，尖叫著指向王輔臣飯碗，“你碗裡有一隻死蒼蠅！”
王輔臣哈哈一笑：“我等從槍林箭雨走出來來，九死一生。便是有蒼蠅，我也吃得下去。”
王輔臣意在逞英雄，但這個吳應麒生性不解人意，非要打賭看他是否真的能咽蒼蠅，王輔臣僵在原地因好面子居然真強撐著連蠅帶飯一口下肚。
吳應麒笑說：“我與兄長賭食死蒼蠅，兄長便食之；如果與兄長賭食糞便，兄長也將食糞麼？”
王輔臣勃然大怒，起身斥罵：“你自恃是平西王的兒子，敢當眾羞辱我！人家懼怕你們吳家子子孫孫，我卻不怕！且看我如何掏出你吳家子孫的腦髓，嚼其心肝，挖其眼睛！”隨手一拍，桌上酒杯飯碗應聲而碎。再一拳砸在酒桌上，啪嚓一聲，桌子四足齊折，其神勇可畏。
左右侍從的兵丁和將校多達百人，皆駭然。
等吳應麒回到雲南，立刻添油加醋的向吳三桂彙報，“王輔臣使酒罵座，揚言吳三桂算個什麼東西，早晚有一天要啃平西王的腦子，嚼平西王的心肝，挖出平西王的眼睛！”
吳三桂對輔臣有所顧忌，冷淡了下來。便傳話：“你王輔臣跟吳應麒少年兄弟間喝酒吵鬧是尋常之事，便廝打起來也無妨，誰又不是婦女有了私情懷孕，怕被打掉了胎不成？只是何必牽扯上老夫？別人豈非要背後掩口笑話我說‘吳三桂這個老頭，平時對王輔臣愛如掌上珍寶。王輔臣卻恨得要吃我腦髓呢’！這豈不是使人寒心？”
王輔臣聞之悶悶不樂。心想吳三桂已老西南的天下遲早得斷送在他的笨蛋兒子手上。正在此生，收到了康熙皇帝的親筆信，信中深情的陳述了和王輔臣交往的一樁樁往事，絲毫沒有責備他殺莫洛及投叛之事，同時還贈送了他一支順治帝留下的蟠龍豹尾槍以示恩寵與信任。
於是王輔臣再次選擇投降清朝庭，開啟了城門。皇上親自下了聖旨，既往不咎，任命王輔臣為陝西提督，加太子太保頭銜。王輔臣的重新歸附，不僅增強了清軍的實力，解除了對京城的巨大威脅，而且剪除了吳三桂在西北的羽翼，使其失去了一個強有力的臂膀，扭轉了整個西北戰局。至此，戰局形勢雖然對清廷還很不利，但在氣勢上，康熙總算扳回一局。
三藩之亂平叛之初清軍以八旗為主力，各路統帥皆以諸王貝勒充任，康熙曾認為：“諸王、貝勒皆朕懿親，指揮調遣無可牽制，守禦征剿足增威重。”然而，八旗軍已不如前，入關後優裕的生活環境，使之喪失創業時英勇善戰、所向披靡的銳氣，新一代王公貴族無臨戰經驗，老一輩軍功勳舊諸王已年老不能再執干戈，八旗軍的弱點，從戰爭一開始便暴露出來。其中，順承郡王勒爾錦抵荊以來，終日嬉戲，挾彈手搏以為榮，旁及琴弈醫卜之屬，納妾生子，不問軍事，突聞吳三桂大軍將至，踉蹌而逃，遺棄大炮數十座。擔任主攻嶽州的大將軍貝勒尚善，屯兵嶽州城下，長年不戰，挾制有司，貪冒貸賄，甚至多方漁色，購女鄰疆，其腐敗已難以擔負起平叛的重任。康熙屢加痛責，斥其“觀望逗留，不思振旅端進，辜負天恩”。
為了取得戰爭勝利，康熙皇帝再次力排眾議，改變國策，毅然決定“滿漢合兵”，下令綠營官兵自成一軍，可獨立作戰或以獨立、平等地位與滿軍聯合作戰，不再是八旗兵的附庸，同時啟用了甘肅提督張勇、西寧總兵王進寶、寧夏總兵陳福、甘肅總兵孫思克大量的漢族軍官，這些軍官個個驍勇善戰、屢戰奇功。
清朝綠營兵原為收編的明軍及其它漢兵，以綠旗為標誌，稱為綠營。相比滿族八旗官民，綠營地位低下，待遇微薄，作戰時擔負最艱險的任務，而功勞往往被埋沒、竊奪；人員、馬匹被任意徵調；有時受到無端的猜疑。因此綠營兵的積極性受到嚴重的壓抑和摧殘。至此後綠營軍智慧和力量得到了充分發揮，因而取得可觀戰果。
康熙皇帝同時派遣自己最信任的大清第一廉史于成龍坐鎮湖廣——戰爭中心，于成龍一到任就堵住荊州，荊州是吳三桂軍通往中原的必經之路。
吳三桂稱帝后最大的心願便是揮軍北上直取京都，他認為這並不是空想，而是時日長短的問題，只要給自己充足的時間，清軍必敗無疑。但得知于成龍坐鎮荊州後頓感不妙，下了死命令——不管付出多大的代價也要把荊州攻下來。
吳軍拼死攻城，清軍拼死守城，廝殺戰鼓的聲音響徹荊州。雖然吳軍在兵力上佔了上風，但是清軍佔據了易守難攻的荊州，吳軍屢攻荊州不破。就在這關鍵時刻，雲集於荊州、武昌、宜昌等地的清軍受到清庭聖旨集結荊州對吳三桂發起了的強烈攻勢。決勝之機！八旗子弟畏首畏尾，不敢爭鋒，敗下了陣去！
于成龍站在城頭一聲嘆息！吳軍的營地離荊州不遠，雖然是在夜裡，敵軍營地中星星點點的亮光異常清晰，隨時都會率兵打過來。于成龍眉頭不禁皺了一下，暗想：如果不整治住這幫貴族八旗子弟歪風邪氣，是打不贏的。
這群八旗子弟一上戰場就丟盔棄甲，但面對地方官吏和老百姓，他們卻強取豪奪，無惡不作。其中最囂張跋扈的人物叫納蘭富貴，禮部尚書納蘭明珠及皇宮中囂張跋扈惠妃的親二弟，皇家大阿哥的親二舅，但因藉助納蘭家貴族背景勢力，到處為非作歹。納蘭富貴從小就是一個酒色之徒，偷雞摸狗成性，經常在夜裡強搶民女犯了罪後就跑回軍營逃避，老百姓拿他一點辦法也沒有。
于成龍接到百姓的報案後，雷厲風行，設計在納蘭富貴作案時抓住了他，不等納蘭明珠派人來質問，就按照大清律例，依法處理，當場立即斬首，以儆效尤！