收服傑尼龜後，小智一行人的隊伍愈發壯大，他們懷著對未知的期待，繼續朝著彩虹市邁進。一路上，傑尼龜興奮得不得了，時而跟皮卡丘在草地上追逐嬉戲，時而和小火龍、妙蛙種子交流著新旅程的見聞，稚嫩的歡叫聲給旅途增添了不少活力。林如雪時刻留意著周圍，透過特殊方式，將細微的環境變化和潛在危險傳遞給小智。

當他們踏入彩虹市時，被眼前美輪美奐的景象震撼了。整座城市像是被大自然打翻了調色盤，色彩斑斕。街道兩旁繁花似錦，高大的藤蔓纏繞著建築向上生長，花朵肆意綻放，濃郁的花香瀰漫在每一處角落。行人們悠然自得，身邊跟著各種各樣可愛的寶可夢，處處洋溢著和諧與美好。

然而，平靜之下卻隱藏著危機。他們發現街道上的氣氛有些異樣，人們神色匆匆，臉上帶著擔憂。原來，彩虹市的生態平衡遭到了破壞，大量的昆蟲寶可夢開始失控，襲擊路人，破壞城市設施。罪魁禍首是一位瘋狂的科學家，他為了研究寶可夢的進化，使用了一種不穩定的藥劑，導致昆蟲寶可夢性情大變。

小智一行人決定幫助彩虹市解決這場危機。他們來到城市邊緣，這裡聚集了許多發狂的昆蟲寶可夢，大針蜂在空中盤旋，發出尖銳的嗡嗡聲，獨角蟲和鐵殼蛹在地面上橫衝直撞，所到之處一片狼藉。

“看來我們有一場硬仗要打了。”小智皺著眉頭，表情嚴肅地說道。

小剛觀察著局勢，分析道：“這些昆蟲寶可夢數量太多，而且攻擊性很強，我們得想個周全的計劃。”

小霞點頭表示同意：“沒錯，不能盲目進攻，得先找到它們的弱點。”

林如雪在小智腦海中迅速思考，說道：“昆蟲寶可夢大多對火、飛行和岩石屬性的攻擊比較脆弱，我們可以利用這一點。而且，它們現在是被藥劑控制，失去了理智，攻擊沒有規律，我們要想辦法讓它們冷靜下來。”

小智心中有了主意，他派出了小火龍和妙蛙種子。“小火龍，使用噴射火焰，製造一道火牆，阻止它們靠近；妙蛙種子，用催眠粉讓靠近的寶可夢安靜下來。”

小火龍深吸一口氣，嘴巴大張，噴出一道熊熊燃燒的火焰，在眾人面前形成了一道火牆。熾熱的火焰讓昆蟲寶可夢們不敢輕易靠近，它們在空中盤旋，發出憤怒的叫聲。妙蛙種子則晃動著身體，釋放出粉色的催眠粉，隨著微風飄散，一些靠近的獨角蟲和鐵殼蛹吸入催眠粉後，緩緩閉上了眼睛，安靜地躺在了地上。

然而，大針蜂們並不受影響，它們更加瘋狂地朝著眾人衝來。武藏和小次郎不知從哪裡冒了出來，武藏興奮地喊道：“這麼多強大的昆蟲寶可夢，要是抓住它們，肯定能賣個好價錢！大舌頭，使用舔舌頭攻擊！”小次郎也派出了瓦斯彈：“瓦斯彈，用汙泥炸彈把它們都解決掉！”

小智見狀，立刻指揮皮卡丘和傑尼龜迎戰。“皮卡丘，十萬伏特攻擊大舌頭；傑尼龜，用水槍擋住汙泥炸彈。”皮卡丘釋放出強大的電流，擊中了大舌頭，大舌頭被電得渾身發麻，行動遲緩。傑尼龜則噴出一道道水柱，將瓦斯彈的汙泥炸彈全部衝散。

在混亂中，那位瘋狂的科學家出現了。他看到自己的實驗成果變成這樣，有些驚慌失措。小智趁機上前，對他說道：“你不能再這樣做了，你的實驗已經給這座城市帶來了巨大的災難。”

科學家低著頭，懊悔地說：“我只是想探索寶可夢進化的奧秘，沒想到會變成這樣。我有解藥，或許可以讓它們恢復正常。”

就在這時，一群大針蜂朝著科學家撲了過去。小智毫不猶豫地派出所有寶可夢，大聲喊道：“大家一起保護他！”皮卡丘、小火龍、妙蛙種子和傑尼龜齊心協力，用各自的技能抵擋大針蜂的攻擊。

科學家趁機拿出解藥，對著發狂的昆蟲寶可夢噴灑。神奇的事情發生了，寶可夢們漸漸恢復了正常，它們不再攻擊，而是紛紛飛走或爬走，回到了自己的棲息地。

彩虹市的危機解除了，人們歡呼雀躍，對小智一行人充滿了感激。市長親自為他們頒發了榮譽勳章，感謝他們拯救了這座城市。

帶著榮譽和新的成長，小智一行人在彩虹市稍作休整，準備繼續踏上旅程。他們知道，前方還有更多的挑戰在等待著，但只要團結一心，就沒有克服不了的困難。