命門的概念在《內經》中並沒有明確提及，只有越人提到：腎有兩個，但並非都是腎，左邊的是腎，負責藏精；右邊的是命門，是諸神精的居所，原氣的繫留之處，男子透過它藏精，女子透過它維繫胞胎。我認為這個解釋還不夠完整，甚至有些可疑，所以我在《類經》的末尾附上了“三焦包絡命門辨”來詳細闡述，似乎已經概括得差不多了。但還是有沒說完全的地方，我擔心不足以讓後人醒悟，因此再次詳細解釋其內涵，分條列舉如下：

命門是精血之海，脾胃是水穀之海，它們都是五臟六腑的根本。命門是元氣的根源，是水火的居所，五臟的陰氣沒有它就不能滋養，五臟的陽氣沒有它就不能發散。脾胃位於中州之土，沒有火就不能生髮，但必須是春氣從下開始，三陽從地上升起，然後萬物才能化生。這難道不是命門的陽氣在下，正是脾胃的母親嗎？所以我說：脾胃是灌注的根本，得到的是後天之氣；命門是化生的源泉，得到的是先天之氣。這其中固然有本末的先後之分。

命門有火候，就是元陽的意思，也是生物之火。然而，人的稟賦有強弱，所以元陽有盛衰；陰陽有勝負，所以病情有輕重。這就是火候需要辨別的原因。簡單來說，一陽的元氣必然從下往上升，而三焦的普遍作用則各自表現出其特點。下焦的特點就像地土，是化生的根本；中焦的特點就像灶釜，是水谷的熔爐；上焦的特點就像太空，是神明的居所。

下焦如地土，地土有肥沃和貧瘠之分，出產就不同；山川有厚薄之分，儲藏就不同。聚散由陽氣掌控。人也是這樣，得到一分就有一分的作用，失去一分就有一分的虧損。而壽命長短、生育能力以及勇敢怯懦、精血病治的基礎，都無不由此元陽的充足與不足來決定。這就是下焦火候的意義。

中焦如灶釜，所有飲食的滋養都來源於水谷。吃得多就身體強壯，吃得少就身體衰弱。正因為胃中的陽氣像釜一樣熱，才能使食物迅速消化。如果不是這樣，怎麼可能早餐吃了午餐就消化，午餐吃了晚餐就消化呢？觀察灶釜，少一根柴火就遲化一會兒，多一根柴火就快化一會兒。火力不到，就全然不化。所以脾胃的化與不化，以及飲食的能與不能，也總是由陽明的氣有強與不強，以及陰寒之邪有犯與不犯來決定。如果病了，就會漸漸痞脹、隔食或嘔吐，或者食物只能消化三五成，或者膨脹聚積不消，或者吞酸噯腐而食物的氣味不變，或者腹痛肚痛而終日不餓，或者清濁不分、完谷不化。能消化就沒有不執行的，不能消化就沒有不留滯的。執行就成為氣和血，留滯就成為積和痰。這難道不是因為胃氣不健全嗎？而胃氣為什麼不健全呢？難道不是因為火候無力嗎？現在看到治療痞脹、吞酸噯腐等症狀時，無論是不是熱症，動不動就說是胃火過旺，這豈不是在毀滅剩下的幾點火種嗎？這就是中焦火候的意義。

上焦如太空，所有變化都顯現在神明上，而神明必然根源於陽氣。這個火能生氣，就沒有氣不到的地方；這個火能化神，就沒有神不靈驗的。陽氣在下就溫暖，所以叫相火以位；陽氣在上就光明，所以叫君火以明。因此陽氣旺盛則陰氣消退，而陽光普照當空，所以五官正常而萬物茂盛；陽氣衰退則陰氣勝過，而陽氣被陰氣抑制，所以聰明被剝奪而神氣減少。而凡人的聲色動定以及智愚賢不肖之所以有不齊之處，難道不是陽氣的作用嗎？這就是上焦火候的意義。

以三焦來論火候，則各有所司。但為什麼都歸之於命門呢？因為水中的火是先天真一之氣，藏在坎卦中間。這個氣從下往上走，與後天的胃氣相接而化生。這實在是生生不息的根本。就像花萼的繁榮在於根柢，灶釜的作用在於柴薪。如果真陽不從淵源發出，那就總是屬於無根之火。火沒有根就是病氣，不是元氣。所以《易經》以雷在地下為復卦，可見火的標誌在上而火的根本在下。而且火知道靠近乾燥的地方，極度怕冷。如果命門陰盛，則元陽會畏避而龍火沒有藏身之地，導致遊散不歸而成為煩熱格陽等病。凡是善於治療這種情況的人，都會順從火的性質，讓陽和之氣直接進入坎卦中間，佔據其巢穴而招之誘之。則相同的氣會相互吸引而虛陽無不歸原。所以說“甘溫除大熱”就是這個意思。但可惜的是有些人不明白這個道理，多把虛陽當作實熱來治療。他們不考慮溫養這個火而只知道寒涼可以滅火。怎麼能指望這樣做還能保留生機而不使病人迅速死亡呢？這是醫家第一重要的救人之理。既然從事這個行業就必須先明白這個道理。如果三焦有客熱邪火那都是凡火而已，固然不得不除。但除火併不難，這不是正氣火候的問題。學者在這裡應該深明邪正二字，則能得到治療生機的要領。

命門有生氣就是乾元不息的微妙之處。沒有生就沒有息了。陽主動、陰主靜；陽主升、陰主降。只有動只有升所以陽得到生氣；只有靜只有降所以陰得到死氣。因此乾元之氣從下開始而在上盛行，升則向生；坤元之氣從上開始而在下盛行，降則向死。所以陽在子時中生而前升後降，陰在午時中生而前降後升。這是陰陽的分歧之處，相差不過像毛髮一樣細微，但到最後卻會相差千里。而死生的關鍵實際上就在這個毫釐升降的機會上。又像水暖則化氣，化氣則升無不生；水寒則成冰，成冰則降無不死。所以腎氣獨沉則奉生者少，這就是生氣的道理。至於人的生氣則無所不在，也無所不應當觀察。如臟腑有生氣，顏面顏色有生氣，聲音有生氣，脈息有生氣，七竅有生氣，四肢有生氣，二便有生氣。生氣就是神氣，神從形生，怎麼不可以辨別呢？衰弱的要迅速培養，還恐怕不能生，怎麼還能去砍伐呢？更何況是更嚴重的情況呢？所以明智的醫生觀察這些，必須知道哪個已經虧損，哪個還可以挽救，哪個能增加生氣，哪個能損害生氣，哪個應該先攻擊病氣以保護生氣，哪個應該先鞏固生氣以抵禦病氣。一定要考慮病氣雖然這樣，但生氣會怎樣；現在雖然這樣，但日後會怎樣。如果沒有從開始到結束都明白的智慧，那就只是目光短淺的人了。

雖然這只是針對醫術而言，但醫術之外還有更深層的道理。生氣是少陽之氣，是隻有前進沒有後退的氣。這個氣從哪裡來？無非來自根本。這個氣有什麼用？這其中還有更玄妙的真諦。人生最寶貴的就是這個氣了，而出入的關鍵在於呼吸，這是氣數的寶藏。河車的運轉在於軲轆，是轉運的神機。它的進退得失，總在生息之間，而壽命的長短就在這裡決定了。經書上說：“得神者昌，失神者亡。”說的就是生氣的重要性。我見到的在這方面受到剝奪的人不可勝數，所以特此在這裡闡明其意義。