位於北方的革命軍開始南下，最終他們合力攻陷了弗吉尼亞的首府。聯邦政府打算背水一戰，殊死一搏。他們集結自己大部分兵力從華盛頓特區南下，這次除了陸軍和空軍之外還有海軍最後的艦隊。他們計劃將在紐波特紐斯進行登陸，與格洛斯特方向的部隊匯合後前往裡士滿和諾福克進行反攻。

之後便是被後世所傳頌的約克城解放戰役。此次戰役革命軍付出慘重的代價成功阻止格洛斯特方向的陸軍和從紐波特紐斯登陸的海軍陸戰隊向北突破，聯邦政府軍的反攻計劃徹底失敗。

至此美國只剩下各州的國民警衛隊依舊堅持，面對人民軍摧枯拉朽般的攻勢大部分國民警衛隊直接投降了。俄亥俄、西弗吉尼亞、弗吉尼亞均被拿下，對首都華盛頓特區形成了合圍。

目前聯邦政府只剩下位於東北方的幾個州還在掌控當中，這場革命現在完全超出了他們的控制和預想，原本預計能夠輕鬆消滅的革命軍如今已經解放了大半個美國。相比於戰場上面的連續失利，永生基因的研究倒是非常順利，已經研究出了兩種惡魔基因。第一種是上層人注射的，該種惡魔基因能讓那些低階轉生惡魔或者改造士兵聽從自己的命令，同時不會改變植入者原本樣貌並賦予其強大的力量和接近永恆的壽命，但是目前不夠穩定，還需要配合另外一種藥物使用。而第二種惡魔基因被命名為兵蟻，被植入後的人將會在一小時之內變成一個強大的低階惡魔，但是他必須服從上位者的命令，不過該種基因除了體液傳播之外，還能過接觸或是食用汙染物進行傳播。

惡魔基因的研究成功對聯邦政府來說無疑是個好訊息，現在他們已經無法用常規手段收復自己的土地了，那麼惡魔基因完善後便可對全球再次復刻當年對付印第安人的手段。

聯邦政府結合目前情況判斷，在正面戰場上已經無法取得想要的結果，現在必須將這些珍貴的研究資料和人員轉移到歐洲和非洲去，想必之後和來自亞歐的研究團隊匯合後惡魔基因的進展會更加迅速。同時還有一部分人需要留下來為日後反攻做準備。

白宮的政要們開始了部署，首先原政府人員將會轉移到歐洲組成新的流亡政府，還有一部分美軍以及FBI的特工將會留下來成立新的抵抗組織。至於那些剩下來的國民警衛隊，當中有非基因改造人開始大規模被調走，剩下的部隊基本上被拋棄了，作為基因改造人他們實在是太醒目了，不適合隱藏作戰的需要。

在聯邦政府進行自己部署的同時，起義軍的戰士們已經完成了休整，接下來將要拿下首都華盛頓。弗雷德和他的同志們在遠方眺望著首都的方向。華盛頓這座城市承載了太多的歷史了，但是從它成立到現在它所代表的永遠都是那些西裝革履的富豪、寡頭、企業家的利益。在這裡曾經有過坦克驅趕一戰老兵；有過第一次世界性金融危機；還有過整個廣場插了70萬支白旗來哀悼被他們群體免疫的犧牲民眾。這裡承載了精英們的勾心鬥角和歡聲笑語，同時也承載著那些為精英們利益而死亡的民眾屍骨，這片土地已經被無數被壓迫的民眾的血浸透了。

弗雷德轉過身，看到了起義軍的戰士們，他們雖然有著不同的膚色來自不同的國家，但是今天他們集結於此只有一個目標，是時候讓這裡改朝換代了！也是時候讓被壓迫者的聲音響徹這個國家了！

隨著弗雷德下達了命令，革命軍整裝待發，按照計劃朝著首都行進。因為聯邦政府的行為，導致華盛頓特區的守軍變得不堪一擊，基因改造士兵被擊斃，那些正常人組成的守軍也繳械投降，在對華盛頓特區近幾個小時的猛烈攻擊後，他們最終解放了首都。

在之後的戰鬥當中，剩下的未解放區已經失去了鬥志。眼見大勢已去，剩下的政府官員也迅速逃離了美國。至此這場於2062年開始的革命戰爭，經過四年取得了最終的勝利。

這一天對於整個美洲人民來說是新的開始，過去殘留在這個大陸上面的汙穢被徹底的根除乾淨，一箇舊的的帝國死了，一個新的人民國家誕生了。弗雷德和他的同志們，在白宮驕傲的宣佈著，美利堅共和國成立了！

幾天後一份緊急報告遞交給了弗雷德，是關於解放戰爭中他們關閉的那五十六所反人類生物實驗室，考察隊在這些實驗室中都發現一個神秘組織所留下來的痕跡，他們提供了很多人體改造技術，以此來幫助聯邦政府完成改造戰士的實驗，那些資料上還有很多他們看不懂的文字。結合前政府相關資產和對部分前政府官員的審問可知，他們在進行一個名為人類生命永恆的專案，前政府在這個專案中投入了大量的資金和技術。其中一部分研究的就是人體植入外星生命基因的改造計劃，另外一個專案看起來有些神秘，是關於人類壽命延長的方式，相關資料較少，相關人員均被帶走，弗雷德決定從那個神秘組織下手調查，或許揭開它的面紗就能撥開這片瀰漫全球的烏雲。