大荒經》由東開始，故有學者認為是南、西、北、東的方位順序與遠古上南下北同，故《大荒經》由東開始，則可能是後人的改動調整），然後向西，再向北，最後到達大陸（九州）中部。九州四圍被東海、西海、南海、北海所包圍。古代中國也一直把《山海經》作歷史看待，是中國各代史家的必備參考書。由於該書成書年代久遠，連司馬遷寫《史記》時也認為：“至《禹本紀》，《山海經》所有怪物，餘不敢言之也。”對古代歷史、地理、植物、動物、文化、交通、民俗、神話等研究，均有重要的參考價值。關於《山海經》全書涉及的地域範圍及相關物事虛實，歷來眾說紛紜。很多學者都認為是一次國家地理大普查之後的文獻記載，有一些確實能確定下來，比如黃河、渭河、華山等等，地理位置與現實的大體一致。事實上，即是是《五藏山經》，也與整體格局和現實的山川不合，至今為止，尚未有誰能令人信服地將這些山川一一坐實。然而，《五藏山經》所描述的山川有些是存在的，特別是《中山經》裡的山

《山海經》是一部充滿著神奇色彩的著作，內容無奇不有，無所不包，蘊藏著豐富的地理學、神話學、民俗學、科學史、宗教學、民族學、醫學等學科的寶貴資料，它的學術價值涉及多個學科領域，它大量地、有條序地記載了當時中國的自然地理要素及人文地理的內容，如山系、水文、動物植物、礦藏、國家地理、經濟、社會文化風俗等，細心鑽研，深入探討，就不愁沒有新發現。

首先，《山海經》有自然地理記述。這包括記載了許許多多的山，如“堂庭之山”，“杻陽之山”，“青丘之山”“箕尾之山”等，而每座山的命名是根據山的地貌而定的，這些山也體現了山系的走勢；以及極其豐富的水文記載，河流大都記明瞭源頭和注入之處，河流的發源地可以在某一山麓，而它的注入處卻遠離此山，記述者對於水文的記載時也注意到河流乾流的全貌，河流的經由雖不見記載，但是若干幹流如黃河、渭水可以從許多支流流入其幹道的情況瞭解到它們的大致流經區域。《山海經》記載了伏流河和季節河。“潛行於下”的河即伏流河。

其次，《山海經》還有人文地理記述。《海經》部分大量記述了當時的一些區域的社會人文風俗、經濟發展、科技成果等。有許多關於先民對於疆域的開發，如《海外北經》提到“共工之臣曰相柳氏，九首，以食於九山。相柳之所抵，厥為澤溪。禹殺相柳，其血腥，不可以樹五穀（種）。禹厥之，三仞三沮，乃以為眾帝之臺。在崑崙之北，柔利之東。相柳者，九首人面，蛇身而青。不敢北射，畏共工之臺。臺在其東，臺四方，隅有一蛇，虎色，首衝南方。”

《山海經》最重要的價值也許在於它儲存了大量神話傳說，這些神話傳說除了我們大家都很熟悉的如夸父逐日、精衛填海、羿射九日、鯀禹治水等之外，還有許多是人們不大熟悉的。如《海外北經》中載：“共工之臣曰相柳氏，九首，以食於九山。相柳之所抵，厥為澤溪。禹殺相柳，其血腥，不可以樹五穀種。禹厥之，三仞三沮，乃以為眾帝之臺。在崑崙之北，柔利之東。相柳者，九首人面，蛇身而青。不敢北射，畏共工之臺。臺在其東。臺四方，隅有一蛇，虎色，首衝南方。”這個禹殺相柳的傳說充滿了神奇色彩，既可從文學或神話學的角度來研究，也可以從中看出共工、相柳、禹三人之間的關係，由此可見古代民族部落之間的鬥爭。

在《山海經》的神話中，不僅可以看到巫師的活動，也可以看到古代民族的信仰、崇拜等。在《山海經》中，存在著大量的神奇動物的記載，這些動物主要是鳥、獸、龍、蛇之類，它們往往具有神奇的力量。這些動物很可能就是古人的圖騰崇拜。如上文所引的《海外西經》中的文字。“巫咸國在女丑北，右手操青蛇，左手操赤蛇。”蛇可能就是巫咸國的圖騰。研究中國古代的宗教信仰，《山海經》是必不可少的參考資料。

《山海經》中的神話傳說不僅僅是神話傳說，同時，在一定程度上它又是歷史。雖然由於濃厚的神話色彩，其真實性要大打折扣，但是，它們畢竟留下了歷史的影子。把幾條類似的材料加以比較，有時還是可以看到歷史的真實面貌的。例如上文所引《大荒北經》中黃帝戰蚩尤的記載，剔除其神話色彩，我們可以從中看到一場古代部落之間的殘酷戰爭，但卻極無荒謬，很難看清其中的真偽。又如《大荒西經》、《海內經》中記載了一個黃帝的譜系：黃帝妻嫘祖，生昌意。昌意降處若水，生韓流。韓流擢首、謹耳、人面、豕喙、麟身、渠股、豚止，取淖子曰阿女，生帝顓頊。（《海內經》）顓頊生老童，老童生重乃黎。帝令重獻上天，令黎邛（印）下地。下地是生噎，處於西極，以行日月星辰之行次。（《大荒西經》）這個譜系具有傳奇色彩，具有神譜的性質，但是，它與《大戴禮記·帝系篇》、《史記·五帝本紀》、皇甫謐《帝王世紀》基本相同。

《山海經》又是一部科技史，它既記載了古代科學家們的創造發明，也有他們的科學實踐活動，還反映了當時的科學思想以及已經達到的科學技術水平。例如，關於農業生產，《大荒海內經》載：“后稷是始播百穀”，“叔均是始作牛耕”。《大荒北經》載：“叔均乃為田祖。”關於手工業，《大荒海內經》載：“義均是始為巧亻垂，是始作下民百巧。”