中統六頭目順利完成任務，透過甄別。唐毅雄透過麻上俊太的關係，看到了屍體。作為一名法醫，唐毅雄發現屍體有蹊蹺，雖然年齡、外貌、身形都和死者極其相似，但是並不是真正的目標。唐毅雄確認六頭目中有內鬼，唐毅雄有暴露的風險，對方為了獲得更多的資訊，暫時沒有上報。唐毅雄必須立即處理。宋老頭親自出手，控制住六人，準備全部毒殺。唐毅雄觀察每人細微表情，內鬼竟然是資歷最老的‘松柏’，不甘心被邊緣化，主動投靠日本人。上官刀一刀斃命，解決了內鬼。唐毅雄徹底收服中統中層，成為中統實際控制人。唐毅雄改變中統的風格，藏匿的更深，暗殺行動多改為下毒。下毒方式多種多樣，76號毫無頭緒，焦頭爛額。

唐毅雄受到香織將軍召見，日本人要成立經濟振興社。名義上發展經濟，實際上為了侵略搜刮民脂民膏。以唐家在上海的地位，香織將軍希望唐老爺可以出任會社主席。唐老爺拒絕，唐毅雄主動要求加入振興社。每日都能看到大量的經濟資料，分析這些資料，可以預測到小鬼子的軍事行動，唐毅雄以軍統名義向外傳遞訊息，全是關於小本子近期一系列的軍事行動。導致日方懷疑高層洩密，準備進行大清洗。在香織將軍的安排下，唐毅雄的醫務處組織為76號人員進行體檢，唐毅雄收集到大量日偽人員資訊。唐毅雄透過傷勢和體貌特徵進行分類，發現一名電訊人員身份可疑，懷疑為紅色特工。唐毅雄沒有聲張，為其隱瞞下來。

76號兩位大頭目丁先生和李先生為爭奪資源出現間隙。76號內部出現派系鬥爭。唐毅雄在暗中推波助瀾，利用人員資訊，試圖製造內亂。丁先生出現慢性疾病，唐毅雄有意引導，讓他懷疑是被人暗中下毒。雙方內鬥更加激烈，導致在針對紅色間諜組織時出現重大失誤。香織將軍以此為藉口清洗76號，麻上俊太受到重用，成為76號的三號人物，春子由明轉暗，在暗中遙控76號行動。春子偽造紅色間諜叛變名單，公開宣佈名單由軍統洩漏，挑撥雙方內鬥，坐收漁翁之利。

唐毅雄利用紅色電訊人員的漏洞，有意將名單調換，將76號掌握的叛徒名單洩漏出去，調換了春子的名單。紅色諜報組織沒有遭到破壞，反而清楚內部的叛徒，連同軍統受益。雙方聯手，刺殺了日偽12名高官，日方損失慘重，一時間高層人心惶惶。香織將軍暴怒，追查下來，春子成為最大嫌疑人。香織將軍將春子軟禁，76號丁李兩人落井下石，安排人員營救春子，香織將軍將東久宮中毒案算在春子頭上。春子被日方優待處理，死在自己人手中。

唐毅雄成為上海情報界大佬，法租界內卻發生一起兇案。一名法籍女子慘死家中，從現場情況看，女人慘遭毒打致死。馬丹將案件交給唐毅雄調查，唐毅雄以為是一次普通的兇殺案。在現場之外發現三大亨的打手，在現場發現多次闖入痕跡。女人屍體遭到破壞，屍檢卻發現有刑訊痕跡。唐毅雄離開現場，三大亨立刻發出邀請，將唐毅雄請到家中赴宴。死者為三大亨處理資金問題，一筆鉅款不翼而飛。唐毅雄懷意兇手為日本間諜，唐毅雄暗示刑訊手法為小鬼子特有手法。三大亨暴怒，損失慘重。日方之前試圖招攬三大亨的努力付之東流。香織將軍提醒唐毅雄不可繼續調查下去，馬丹憤怒，下令防諜股針對日方開展工作，馬丹將日籍法捕和被收買的法捕清理出防諜股。間接的為在租界中活動的各國間諜提供庇護。三大亨的資金在各方勢力爭奪之下，流入紅色間諜手中，有了這筆錢，紅色間諜收購了藥品補給，為傷員提供救治。在唐毅雄庇護下，附近的活躍的游擊隊將損壞的武器運至法租界修理。法租界在馬丹的經營下，壓制了日方的勢頭。

戰事進入焦灼的下一年，上官刀執意刺殺76號李先生，在中統的協助下，刺殺險些成功，殺死了李先生的貼身秘書。上官刀逃走，李先生受到驚嚇，躲在76號不肯離開，上官刀只好放棄任務，暫時離開上海。孤聽雲奉命運送一批重要物資去重慶，孤聽雲意外發現所謂的重要物資竟然是上峰享樂的物資，孤聽雲氣憤的要揭發此事，卻受到追殺，負傷跌落江中。幸運得到游擊隊救助，在後方養傷。孤聽雲看到了不一樣的軍民魚水情。唐毅雄透過多方調查，始終沒找到孤聽雲下落。孤聽雲的失蹤的引來多方懷疑，孤聽雲帶傷出現，打消懷疑。

香織將軍召見唐毅雄，計劃對重慶進行一系列的經濟破壞工作，同時拉攏高層。抗戰進入相持階段，雙方眉來眼去。為了換取一批物資順利抵達重慶，竟然出賣了一部分軍統特工。唐毅雄提前截獲電報，只造成少量損失。香織將軍察覺76號有問題，逐漸懷疑到唐毅雄身上。唐毅雄利用中統人員設下定時炸彈，在76號門前引爆，炸死香織將軍。趁機將偽造檔案放於香織將軍的辦公室。日方取得檔案，懷疑爆炸與76號兩位頭目有關。兩人和重慶方面暗中勾勾搭搭引起日方忌憚。日方決定除掉兩人，為兩人滅亡埋下伏筆。最終在唐毅雄的挑撥下，兩大漢奸死於日本人之手。

唐毅雄在之後的工作中，更加清晰的認識到隱蔽戰線鬥爭的殘酷和的不易，更加敬佩紅色特工的信仰。受到唐毅雄的影響，一部分看破腐敗的進步人士加入紅色特工。唐毅雄暗中將家人轉移香江，設計一出假死戲碼脫身。改換身份，以新身份前往東北地區，重新開始滲透工作，孤聽雲成為他的得力助手，兩人配合默契。